El cuero cabelludo, al igual que el resto de la piel, se puede ver afectado por la dermatitis atópica. En este caso, la afección puede resultar incluso más conflictiva que en la piel de otras zonas del cuerpo, ya que cuenta con mayor concentración de terminaciones nerviosas (hasta 600/cm2), pudiendo exacerbar la sensibilidad y reacciones de las personas que lo padecen.
Además, hay un problema asociado al cuero cabelludo atópico: la sequedad. En el caso del cuero cabelludo, la condición atópica de la piel suele ir acompañada de una tendencia a la sequedad. Esto provoca un adelgazamiento de las capas que forman la piel disminuyendo la resistencia a la penetración de agentes exógenos, lo que se traduce en una disminución de la protección frente a las irritaciones y agresiones externas.